Actuando como una precuela y reinterpretación del clásico El Mago de Oz, Wicked cuenta la historia que tuvo lugar años antes de la llegada de Dorothy a la tierra de Oz y revela cómo la Malvada Bruja del Oeste (Elphaba) y Glinda la Buena llegaron a ser quienes son, mientras que la segunda parte está directamente entrelazada con los acontecimientos de 1939.
Wicked comienza cronológicamente mucho antes de que Dorothy pusiera un pie en Oz, narra los años universitarios de Elphaba y Glinda en la Universidad de Shiz y abarca varios años hasta que ambas brujas se convierten en las figuras que Dorothy encontrará más tarde. La película explica los orígenes de los icónicos compañeros de Dorothy: el León Cobarde es el cachorro que Elphaba salvó de la caza de brujas, el Espantapájaros es el Príncipe Fiyero transformado después de intentar salvar a Elphaba, y el Hombre de Hojalata es Boq, el munchkin enamorado de Glinda que termina siendo convertido en metal por un hechizo de Nessar. La historia del viaje de Dorothy en El Mago de Oz en realidad solo abarca un par de semanas dentro de la línea de tiempo mucho más grande de Wicked que abarca muchos años y, lo más interesante, Wicked se atreve a contradecir la versión original al revelar que el Mago es verdaderamente malvado y llegó al poder a través de la violencia y la manipulación.
La segunda parte de Wicked, For Good, se entrelaza directamente con los eventos de El mago de Oz de 1939, mostrando cómo Elphaba le da los mágicos zapatos rojos a su hermana Nessarose (que Dorothy luego toma después de la muerte de Nessa), mostrando a Dorothy en la pantalla pero sin mostrar su rostro, y usándola como catalizador para la historia entre Elphaba y Glinda. La conexión más profunda radica en la deconstrucción moral: mientras El Mago de Oz presenta una clara lucha entre el bien y el mal, Wicked revela que Elphaba se convirtió en una «villana» debido a una campaña de desprestigio del Mago tras descubrir su crueldad hacia los animales que hablaban, humanizando plenamente a un personaje que durante 85 años fue considerado simplemente malvado. No es necesario ver El Mago de Oz para entender Wicked, pero hacerlo enriquece enormemente la experiencia al apreciar cómo cada escena recontextualiza momentos icónicos del clásico de 1939.